После завершения « смутного времени» окончательно складывается Тобольский разряд, в состав которого первоначально входили все города Сибири: Верхотурье, Тюмень, Туринск, Тара, Пелым, Березов, Мангазея, Сургут, Нарым, Томск и остроги — Кетский, Енисейский и Кузнецкий. Несмотря на образование в 1629 г. особого Томского разряда, Тобольск остался первым и главным городом Сибири и главенствовал над Томским разрядом. Главное, Тобольский воевода являлся как бы главнокомандующим всеми сибирскими служилыми людьми.

Летом 1590 г. Кучум совершил набег на свои прежние сибирские владения. Он разграбил ряд селений в районе Тобольска. Его воины в селениях, расположенных выше по Иртышу между Вагаем и Ишимом, поубивали многих татар, согласившихся платить ясак Московскому царю. Все это настраивало против него местное население. Поэтому, когда в 1591 г. тобольский воевода князь Владимир Васильевич Кольцов-Масальский вышел в поход против Кучума, в составе его отряда было множество тобольских татар. Воевода настиг Кучума у Иши-ма и разбил его войско. Но хан сумел уйти с немногими соратниками в Барабинские степи. Таким образом, уже через 6 лет после гибели Ермака русские сумели вновь овладеть областями по Нижнему Иртышу и Нижнему Тоболу.

Софийский собор в Тобольске